O uso do hífen sofreu uma mudança radical em face do Acordo Ortográfico da Língua Portuguesa, em vigor desde o início de 2009.

Eis abaixo o que diz o Acordo no tocante à palavras formadas por prefixos ou por elementos que podem funcionar como prefixos, os chamados falsos prefixos, a exemplo de: aero, agro, além, ante, anti, aquém, arqui, auto, circum, co, contra, eletro, entre, ex, extra, geo, hidro, hiper, infra, inter, intra, macro, micro, mini, multi, neo, pan, pluri, proto, pós, pré, pró, pseudo, retro, semi, sobre, sub, super, supra, tele, ultra, vice etc.

Regras gerais:

1) O hífen será obrigatório quando o prefixo ou falso prefixo anteceder palavras   iniciadas pela letra  h. Exemplos: anti-higiênico, anti-histórico, co-herdeiro, macro-história, mini-hotel, proto-história, sobre-humano, super-homem, ultra-humano. (Exceção: subumano, caso em que o vocábulo humano perde a letra h.)

2) Quando o prefixo terminar em vogal, usa-se o hífen se o segundo elemento começar pela mesma vogal. Exemplos: anti-ibérico, anti-imperialista, anti-inflacionário, anti-inflamatório, auto-observação, contra-almirante, contra-atacar, contra-ataque, micro-ondas, micro-ônibus, semi-internato, semi-interno, aqui-inimigo, mini-indústria. (Exceção: o prefixo co aglutina-se em geral com o segundo elemento, mesmo quando este se inicia por o: coobrigar, coobrigação, coordenar, cooperar, cooperação, cooptar, coocupante etc.)

3) Se o prefixo terminar em vogal diferente da vogal com que se inicia o segundo elemento, o hífen não será usado. Exemplos: aeroespacial, agroindustrial, antiaéreo, antieducativo, autoaprendizagem, autoescola, autoestrada, autoinstrução, coautor, coedição, extraescolar, infraestrutura, plurianual,    semiaberto,    semianalfabeto, semiesférico, semiopaco.

4) Não se usará o  hífen  quando  o  prefixo  termina  em  vogal  e  o   segundo elemento  começa por consoante diferente de h, r ou s. Exemplos: anteprojeto, antipedagógico, autopeça, autoproteção, geopolítica, microcomputador,  pseudoprofessor,   semicírculo,   semideus,   seminovo, ultramoderno.

5) Não se usa o hífen quando o prefixo termina em vogal e o segundo elemento começa por r ou s, casos em que essas consoantes serão duplicadas. Exemplos: antirrábico, antirracismo, antirreligioso, antirrugas, antissemita, antissocial, biorritmo, contrarregra, contrassenso, cosseno, infrassom, microssistema, minissaia, multissecular, neorrealismo, neossimbolista, semirreta, ultrarresistente, ultrassom, ultrassonografia. 

6) Usa-se o hífen quando o prefixo termina por consoante e o segundo elemento começa pela mesma consoante. Exemplos: hiper-requintado, inter-racial, inter-regional, sub-bibliotecário, super-racista, super-reacionário, super-resistente, super-romântico.

7) Quando o prefixo termina por consoante, não se usa o hífen se o segundo elemento começar por vogal. Exemplos: hiperacidez, hiperativo, interescolar, interestadual, interestelar, interestudantil, superamigo, superaquecimento, supereconômico, superexigente, superinteressante, superotimismo.  

Regras especiais:

1) Com os prefixos ex, sem, além, aquém, recém, pós, pré, pró, usa-se sempre o hífen. Exemplos:   além-mar,   além-túmulo,   aquém-mar,    ex-aluno,  ex-diretor,   ex-hospedeiro,   ex-prefeito,    ex-presidente,    pós-graduação, pré-história,  pré-vestibular,  pró-europeu,  recém-casado,    recém-nascido, sem-terra.

2) Com  o   prefixo  vice  usa-se   sempre  o  hífen. Exemplos: vice-rei, vice-almirante, vice-presidente etc.

3) Com o prefixo sub, usa-se o hífen também diante de palavra iniciada por r: sub-região, sub-raça etc.

4) Com os prefixos circum e pan, usa-se o hífen diante de palavra iniciada por m, n e vogal: circum-navegação, pan-americano etc.

5) Deve-se usar o hífen com os sufixos de origem tupi-guarani: açu, guaçu e mirim. Exemplos: amoré-guaçu, anajá-mirim, capim-açu.

6) Deve-se usar o hífen para ligar duas ou mais palavras que ocasionalmente se combinam, formando não propriamente vocábulos, mas encadeamentos vocabulares. Exemplos: ponte Rio-Niterói, eixo Rio-São Paulo.

7) Não se deve usar   o hífen  em  certas   palavras  que  perderam  a  noção de composição. Exemplos:  girassol,  madressilva, mandachuva, paraquedas, paraquedista, pontapé.